MTsN 2 Kota Blitar awalnya merupakan peralihan Lembaga Pendidikan Guru Agama (PGA) Negeri yang berdiri pada tahun 1969. Berdirinya sekolah PGA bertujuan untuk memenuhi kebutuhan guru pendidikan Agama Islam dengan menempuh Pendidikan selama 4 tahun. Pada tahun 1973 merupakan lulusan pertama dari PGAN 4 tahun. Seiring dengan berjalannya waktu, sekolah yang semula PGAN 4 tahun, kemudian membuka kelas PGAN yang ditempuh 6 tahun, yang harus ditempuh selama 2 tahun (kelas 5 dan kelas 6). Pada tahun 1987 sekolah PGAN berubah menjadi MTsN Filial (cabang) yang mana pada tahun itu juga diangkat menjadi MTs Negeri Filial. Perkembangan berikutnya MTsN Filial berubah menjadi MTsN Kepanjenkidul pada tahun 1997 yang tepatnya pada 15 Juli. Perkembangan MTsN Kepanjenkidul ini semakin berkembang pesat dan semakin banyak menorehkan prestasi. Sehubung dengan KMA (Keputusan Menteri Agama) No. 673 Tahun 2016, MTsN Kepanjenkidul resmi berubah nama menjadi MTsN 2 Kota Blitar. Berikut adalah nama-nama yang pernah menjabat sebagai Kepala Madrasah MTsN 2 Kota blitar:
- Multazim : Tahun 1997-2003
- H. Sugiantoro, B.A : Tahun 2003-2005
- Mohjidin, S.Pd : Tahun 2005-2011
- Hari Afendi, M.Pd : Tahun 2011-2012
- Drs. H. Ahmad Mukromin, M.Pd : Tahun 2012-2020
- H. Muzaini, M.Ag : Tahun 2020-2024
- Hj. Aniqotus Zuhroh S.Ag M.Pd I 2024-sekarang